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Cell文章優(yōu)選芯片:特異性捕獲&牢固偶聯(lián)兼得,且看Biacore NTA
日期:2024-03-06 17:25:19??? 點(diǎn)擊:
芯片是什么?
 

是提供金膜形成SPR(表面等離子共振)現(xiàn)象的關(guān)鍵角色,也是給配體分子棲身之所的大本營。

 
 

Biacore芯片如何抓住配體分子?

 

CM系列芯片可依靠羧基與伯氨等基團(tuán)的共價(jià)結(jié)合,而捕獲類芯片則借助捕獲分子與配體分子的特異性結(jié)合。

 
 

特異性捕獲&共價(jià)偶聯(lián)兼得

 

有這樣一種芯片,既可以共價(jià)結(jié)合又可以特異性捕獲,它是誰呢?本期就帶您認(rèn)識具有雙重身份的Biacore NTA芯片。

 

 

在金膜之上,NTA芯片的羧基化葡聚糖表面上修飾了NTA(次氮基三乙酸),NTA加Ni2+賦予其“捕獲”功能,而未完全修飾的羧基基團(tuán)則賦予其“偶聯(lián)”的功能。使用“捕獲”功能,可以得到特異性、可逆的捕獲芯片,而同時(shí)使用“捕獲”+“偶聯(lián)”,就可以牢固地偶聯(lián)His標(biāo)簽配體蛋白,且不需低pH緩沖液稀釋。一張芯片,“雙重”身份。

 

 

捕獲:

圖片

 

 

NTA可通過螯合Ni2+,特異性捕獲His標(biāo)簽蛋白,進(jìn)一步檢測此His標(biāo)簽蛋白與其他分子(無His標(biāo)簽)的動力學(xué)/親和力檢測等實(shí)驗(yàn),實(shí)現(xiàn)可逆捕獲檢測實(shí)驗(yàn)。

 

 

圖片

圖1:使用NTA芯片捕獲法檢測His標(biāo)簽配體-分析物

 

 

Biacore提供成熟的NTA芯片及配套試劑盒,包含了實(shí)驗(yàn)中會用到的螯合及再生試劑。控制軟件中選擇Kinetics/affinity using Sensor Chip NTA(Insight software of 1 series and 8 series & Control software of S200,X100及T200在Kinetics/affinity-芯片類型選擇NTA即可)即可開展實(shí)驗(yàn)。具體實(shí)驗(yàn)流程包括:

 

 1 

 

General:芯片表面螯合Ni2+;

 2 

 

Capture:捕獲His標(biāo)簽配體 (Ligand in running buffer) ;

 3 

 

Analyte:進(jìn)樣分析物,檢測與配體的結(jié)合和解離過程。單循環(huán)實(shí)驗(yàn)中,可以在此步設(shè)置中一個循環(huán)設(shè)置多個濃度,直接得到濃度梯度的結(jié)果;

 4 

 

Regeneration:用EDTA洗去Ni2+及配體。

 

 

 

整個循環(huán)結(jié)束后,芯片回歸到初始狀態(tài),可以用于其他His標(biāo)簽配體的檢測。需要注意的是,分析物不可以有His標(biāo)簽,否則會直接結(jié)合在Ni2+上,影響檢測結(jié)果。

熟悉His標(biāo)簽的老師可能會問:必須用EDTA再生么?當(dāng)然不是。Kong et al. 使用NTA捕獲法檢測14–3-3ζ蛋白與化合物的結(jié)合時(shí),化合物與靶點(diǎn)蛋白可以完全自發(fā)解離(快解離),因此不設(shè)置再生[1];Lu et al. 使用NTA捕獲法檢測膜蛋白A2AR與化合物的結(jié)合,使用5 mM theophylline再生洗掉分析物而保留配體[2]。

 

 

 

捕獲+偶聯(lián):

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今年Cell雜志上發(fā)表的以Clp蛋白酶為靶點(diǎn)的新型抗結(jié)核病BacPROTACs研究成果,就是使用NTA芯片說明書中的Capture & Coupling的方法,檢測ClpC3與天然抗生素或HBPs (Homo BacPROTACs) 的結(jié)合[3]

 

 

圖片

圖2:NTA芯片Capture & Coupling后,單循環(huán)檢測ClpC3與藥物的親和力

 

 

 

“捕獲”+“偶聯(lián)”可使His標(biāo)簽配體蛋白穩(wěn)定地共價(jià)結(jié)合在芯片。區(qū)別于CM系列芯片,NTA芯片并不通過靜電吸附達(dá)到富集的目的,而是利用Ni2+與His標(biāo)簽的特異性結(jié)合,所以配體分子不需要使用低pH的醋酸鈉緩沖液,用運(yùn)行緩沖液稀釋即可。

在Biacore控制軟件中選擇Immobilization-芯片類型選擇NTA-add step-NTA Amine(Insight software of 1 series and 8 series, X100、T200及S200可在偶聯(lián)方法中自定義偶聯(lián)方法)即可開展實(shí)驗(yàn)。具體實(shí)驗(yàn)流程包括:

 1 

 

General:芯片表面螯合Ni2+;

 2 

 

Activation:EDC/NHS活化;

 3 

 

Capture:捕獲His標(biāo)簽配體 (Ligand in running buffer) ,同時(shí)發(fā)生捕獲和偶聯(lián)。除了設(shè)置配體進(jìn)樣時(shí)間外,Biacore特有的Aim for target level模式,無需緊盯偶聯(lián)信號,不用擔(dān)心偶聯(lián)多了、少了,只需要輸入想要的偶聯(lián)量,儀器自動調(diào)整進(jìn)樣時(shí)間,準(zhǔn)確達(dá)到目標(biāo)偶聯(lián)量。精準(zhǔn)偶聯(lián)So Easy

 4 

 

Deactivation 1:乙醇胺封閉;

 5 

 

Deactivation 2:用EDTA洗去Ni2+

 

 

 

圖片

圖3:NTA芯片捕獲+直接偶聯(lián),target模式下自動完成目標(biāo)偶聯(lián)量

 

 

NTA-Amine實(shí)驗(yàn)結(jié)束后,His標(biāo)簽配體分子被牢牢地偶聯(lián)在芯片上,等同于CM系列芯片的氨基偶聯(lián)。后續(xù)的動力學(xué)/親和力檢測可按照實(shí)驗(yàn)需求,設(shè)置結(jié)合解離及再生步驟,再生并不會洗掉配體。值得注意的是,偶聯(lián)完成后芯片上沒有了Ni2+,所以分析物有無His標(biāo)簽都可檢測。

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